Thomas Haden Church nasceu Thomas Richard McMillen em Yolo, Califórnia, para Maxine (Sanders) e Carlos Richard McMillen, que era marinheiro e agrimensor americano. Ele foi criado no Texas. Sua mãe se casou novamente com George Quesada, um veterano viúvo da Segunda Guerra Mundial que serviu em Guam, em 1969. Ele adotou o sobrenome Quesada. Ele mudou para a Haden Church depois que "ninguém poderia pronunciar Quesada". Church começou sua carreira no show business diante de um microfone em vez de uma câmera, primeiro como um DJ de rádio e depois como locutor de locução. Depois de conseguir um papel no filme independente, Stolen Moments, Church mudou-se para Los Angeles para seguir sua carreira de ator.
