No ano de 2045, a tecnologia finalmente evoluiu para um grau de prosperidade para o mundo. A World Wide Web se tornou um mundo para "App Monsters" ou "Appmons", seres artificialmente inteligentes nascidos em aplicativos móveis. A série se concentra em Haru Shinkai, um estudante colegial comum que descobre um Appmon escondido em seu smartphone, que se revela Gatchmon e os dois se tornam parceiros. Haru também aprende com Gatchmon que a inteligência artificial chamada Leviathan está criando vírus para transformar todos os Appmons em mal, e os dois unem forças para detê-los. Conforme a série avança, Haru ganha a ajuda do ídolo novato Eri Karan, o famoso AppTuber Torajirou Asuka, o prodígio do hacker Rei Katsura, que está em busca de seu irmão mais novo que foi sequestrado por Leviathan, e do melhor amigo de Haru, Yujin Ozora, cada um um fez parceria com seu próprio Appmon para ajudar na luta para derrotar Leviathan e restaurar o equilíbrio entre seus dois mundos.
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