No futuro, a Terra está sendo atacada por alienígenas gigantescos. Noriko Takaya, filha de um famoso capitão na batalha contra os alienígenas, alista-se nas forças armadas para combater os alienígenas, mas deve lutar com suas memórias, as pressões do treinamento, o ridículo de seus colegas de classe e a si mesma para se preparar para ser um piloto mecânico. Ela acaba sendo uma parceria com seu rival / ídolo, e recebe o controle de um dos dois mecânicos Gunbuster, a arma mais poderosa da Terra para combater os alienígenas. Com o destino da terra em suas mãos, Noriko voa para encontrar seu destino ...
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