No futuro distante, o capitão Nemo (descendente do Nemo original) deve lutar contra o Mestre Fantasma, um velho amigo dos tempos de sua academia na Terrestrial Commando Alliance, que sofreu um acidente que torceu seu corpo e sua mente para sempre. Agora, meio humano e meio robô, Phantom tenta conquistar todos os mundos conhecidos e destruir o Nautilus, o carro-chefe da Aliança. Nemo, que foi implicado no acidente do Fantasma e não pôde salvá-lo, decide capturar o Mestre Fantasma para tentar recuperar seu velho amigo. Com a tripulação do Nautilus Ned Land, Malcolm, Diana, Yonnak (um golfinho alienígena super inteligente), Victory the Solarian (um pequeno e fantasma alien flutuante), Dacar (um lobisomem azul) e Algren-18 (um robô de três cabeças), Nemo atravessa o espaço profundo na busca sem fim do Mestre Fantasma e seu exército de robôs.
Aqui o assunto é cinema!
