Quatro anos após o incidente de Crepúsculo nos videogames .hack, a estabilidade aparentemente voltou ao RPG online "O Mundo". Shugo e Rena, irmãos gêmeos que vivem separados, adquirem misteriosamente os modelos de jogador dos .hackers: Kite e BlackRose, respectivamente. Mas monstros invencíveis agora entraram no jogo - possivelmente como resultado de um grupo de jogadores desonestos. Shugo recebe a pulseira Twilight, um perigoso item de alteração de dados confiado à pipa original. Shugo e Rena, junto com seus novos amigos no jogo (incluindo Balmung e Sanjuro, dois jogadores originais envolvidos no conflito Twilight), tentam descobrir o segredo desses eventos enquanto evitam os Cerulean Knights, uma equipe implacável de administradores de sistema.
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