Em seu primeiro dia no ensino médio, Kyon conhece uma garota excêntrica chamada Haruhi Suzumiya, que anuncia à classe que está interessada apenas em conhecer extraterrestres, viajantes do tempo e espiões. Descontente com a seleção de clubes após a escola apresentada, ela cria um novo clube chamado SOS Brigade e alista Kyon, um rabugento leitor de livros chamado Yuki Nagato, um tímido mas belo junior chamado Mikuru Asahina, e um transferente leal e sorridente chamado Itsuki Koizumi. Cada um deles, com exceção de Kyon, é secretamente parte de um dos grupos que Haruhi desejava conhecer, e todos devem ficar de olho nela. Se ela alguma vez ficar insatisfeita com a realidade, ela pode, sem querer, destruir o mundo.
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