Em um episódio, há uma cena em que um adolescente mata um homem socando-o repetidamente no rosto até que seu crânio seja esmagado, podemos ver seu punho preso no rosto do homem brevemente enquanto ele tentava tirar o punho do rosto do homem, esta cena é extremamente perturbador e violento. Então ele é mostrado entrando em fúria matando todos à vista, vemos o sangue se espalhando. (Muito violento em TV-PG no Adult Swim)
A violência forte está presente na maioria dos episódios. O grande arco da guerra ninja é especialmente cheio de violência.
O show fica mais violento e sombrio conforme a série continua perto do final do show, há uma cena realmente gráfica de uma garota cometendo suicídio esfaqueando-se no pescoço com uma faca, vemos sangue jorrando do ferimento (versão sem cortes) ( Este é um episódio filler)
Um homem foi comido vivo por um grupo de tubarões na tela não muito gráfica, pois a cena foi sombreada com uma grande quantidade de sangue depois que eles começaram a comê-lo.
Em alguns episódios, os personagens são cortados e perdem os braços.
Em alguns episódios, os personagens são esfaqueados na série.
Essas lutas de Shippuden podem ser intensas e certos personagens morrem, muito mais derramamento de sangue e violência do que na série "Naruto" original. (Pior que como ir ao ar na rede de televisão infantil Cartoon Network em episódios originais de 2002 e Shippuden 2007 no Disney XD)
A guerra é um tema muito proeminente ao longo da série, várias aldeias são mostradas em ruínas durante os flashbacks e os efeitos das guerras são mostrados. Um dos principais vilões é um órfão de guerra.
Em todas as batalhas vemos muita violência e sangue. Os personagens são esmagados, jogados de grandes alturas, decapitados e, às vezes, brutalmente mortos por pessoas que amam. Em alguns episódios, vemos muitas pessoas perdendo suas casas e famílias por criaturas com caudas gigantes e outros ninjas.
