A história de My-Otome se passa em um futuro distante no planeta Earl, colonizado por imigrantes da Terra séculos atrás. A "velha tecnologia" sobreviveu na forma de nanomáquinas que permitem que virgens femininas assumam o papel de Meister Otomes - guarda-costas, atendentes e guerreiros que servem à realeza de vários reinos. Arika Yumemiya veio ao Windbloom Kingdom em busca de sua mãe, que Arika sabe que era uma Otome. Em sua chegada, ela conhece a melhor aluna de Coral Otome, Nina Wáng, e o herdeiro de Windbloom ao trono, Mashiro Blan de Windbloom. A série segue o progresso de Arika como estudante na Garderobe Academy e as maquinações daqueles que desejam o poder destrutivo da velha tecnologia para si mesmos.
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