[Temporada 1]
A primeira temporada gira em torno dos casos tratados por uma divisão especial dos Serviços de Investigação Criminal Naval com sede em Los Angeles, que lida principalmente com trabalho secreto e contra-terrorismo. O foco está no líder da equipe G, Callen, um especialista disfarçado silencioso e controlado que não conhece seu passado. Ele e sua equipe enfrentam terroristas fanáticos, traficantes e outros bandidos com vigilância de alta tecnologia e ação de alta octanagem, enquanto o diretor de sua agência se defende de correntes políticas ocultas e burocracia.
Por causa das tramas antiterroristas, a primeira temporada também aborda as crenças religiosas de terroristas jihadistas e grupos extremistas.
No episódio 'Brimstone', o suspeito de alguns assassinatos é um ex-fuzileiro naval muçulmano, mas acaba sendo um cristão perturbado e excessivamente zeloso.
Em outro episódio, 'Chinatown', os temas de suicídio e homossexualidade são explorados quando um oficial da marinha gay é retratado tirando a própria vida pulando de uma ponte com uma corda no pescoço.
[Temporada 2]
A segunda temporada gira em torno de casos tratados por uma divisão especial dos Serviços de Investigação Criminal Naval com sede em Los Angeles, que lida principalmente com trabalho secreto e contra-terrorismo. A temporada também revela que o agente Callen pode não estar sozinho como ele pensa, pois ainda pode ter um membro da família que ele não conhece.
A 2ª temporada também tem alguns episódios que tratam do contraterrorismo e envolvem terroristas e grupos extremistas.
