Egami Mei é um cirurgião genial, mas de alguma forma ainda está faltando. Por outro lado, sua irmã mais nova, Satsuki, é pobre em estudos, mas tem uma boa natureza e força para viver. "Boku no Imouto" é um drama humano sobre esses dois irmãos cujos pais morreram quando ainda eram crianças. Por causa de seus valores diferentes, eles estão sempre brigando, como quando o irmão descobre que a irmã está tendo um caso com um homem casado. No entanto, os irmãos também desenvolveram um forte vínculo que os mantém juntos, apesar de seus constantes conflitos. Mas ocorre um grande e inesperado incidente, que ameaça abalar o relacionamento deles.
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