Fredrick "Fred" Jones, Jr.Daphne Blake, Velma Dinkley, Norville "Shaggy" Rogers e Scooby-Doo formam o time de solucionadores de mistérios adolescentes que vivem em uma pequena cidade chamada Crystal Cove, o auto-proclamado "Lugar mais assombrado na Terra". A longa história da cidade de estranhos desaparecimentos e avistamentos de fantasmas e monstros constitui a base para a sua próspera indústria turística e, como tal, os pais da gangue e algumas pessoas (principalmente o prefeito Fred Jones Sr. e Sheriff Bronson Stone) não estão felizes que seus filhos estão desacreditando todos os acontecimentos sobrenaturais que trazem tanta receita quanto os esquemas exagerados de charlatães e criminosos. Além dos casos tradicionais que eles sempre resolvem, a equipe encontra-se empurrada para descobrir um segredo escuro escondido no passado da Crystal Cove, coberto por festas desconhecidas. O novo Mystery Incorporated está seguindo dicas crípticas de um homem misterioso sem rosto conhecido apenas como "Mr. E". O novo Mystery Incorporated está desenterrando a lenda de um tesouro de conquistador amaldiçoado, a história secreta da Fundação Darrow Family, de Crystal Cove, e o misterioso caso não resolvido envolvendo quatro jovens que resolvem o mistério e seu animal de estimação - o original Mystery Incorporated. No entanto, mantendo o caminho para resolver este mistério, são os enredos românticos que separam as crianças: Shaggy encontra-se incapaz de colocar seu novo romance com Velma antes de sua amizade de longa data com Scooby, enquanto Daphne pines por um Fred obcecado por armadilhas, que inconscientemente luta para perceber que ele compartilha seus sentimentos também. À medida que investigam mais o mistério sobre a maldição da Crystal Cove, eles descobrem que uma criatura conhecida como "The Freak of Crystal Cove" ameaça e persegue alguém que se aproxima do tesouro assombrado. Eles descobrem a verdadeira identidade do Freak para ser o prefeito Fred Jones Sr. que revela que os verdadeiros pais de Fred são Brad e Judy do original Mystery, Inc. No final, Fred sai para encontrar seus verdadeiros pais e rompe seu noivado com Daphne, declarando que "Mystery, Inc. está morto". Os pais de Shaggy enviam Shaggy para uma academia militar e Scooby-Doo para uma fazenda. Enquanto o Professor Pericles exibe suas duas peças do Disco Planosférico, Scooby-Doo promete juntar o grupo e ir atrás dele.
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