A história é uma prequela do videogame Assassin's Creed II. Ele gira em torno do pai do personagem principal do jogo, Ezio Auditore da Firenze. Giovanni é um assassino que viveu durante a Renascença na Itália do século 15. Neste amanhecer de uma nova era, uma conspiração está sendo tramada por uma família corrupta para derrubar a poderosa família Medici e destruir uma Itália unificada. Como um assassino, Giovanni deve enfrentar essa ameaça e fazer justiça. A história apresenta a situação antes de Assassin's Creed II e os inimigos de ambos os personagens.
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