Há algumas cenas de ameaça, como aquelas que mostram pessoas infectadas como zumbis atacando os personagens, bem como um personagem tentando escapar de grandes insetos ameaçadores que o perseguem por túneis subterrâneos.
Três personagens são perseguidos e atacados por zumbis em um túnel enquanto tentam passar por ele. Há alguns sustos de salto, bem como um carro capotando em cima dele.
Nos laboratórios do WCKD, uma jovem é vista gritando e se contorcendo por causa do vírus Flare, enquanto dois homens a seguram e outro injeta nela uma seringa enquanto outros dois personagens observam. Esta cena dura apenas alguns segundos, mas pode ser assustadora para alguns espectadores.
Este é o filme mais sombrio da franquia. Ele também tem a maior contagem de corpos em todos os filmes Maze Runner. Por causa disso, este filme é na verdade muito mais violento do que seus antecessores.
