Batman Ninja viaja através dos tempos, enquanto a máquina de deslocamento de tempo de Gorilla Grodd transporta muitos dos piores inimigos de Batman para o Japão feudal - junto com o Cavaleiro das Trevas e alguns de seus aliados. Os vilões assumem as formas dos senhores feudais que governam a terra dividida, com o Coringa assumindo a liderança entre as facções em guerra. Como seu armamento tradicional de alta tecnologia se esgota quase imediatamente, Batman deve confiar em seu intelecto e seus aliados - incluindo Catwoman e a extensa família Bat - para restaurar a ordem na terra e retornar à atual cidade de Gotham.
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