A violência é mais sangrenta e brutal neste.
Este é o único filme Matrix dos quatro que merece sua classificação R. O conteúdo violento é muito mais forte e intenso.
Três pessoas entram em uma sala com várias pessoas e todas começam a atirar para frente e para trás: escombros caem do teto, paredes desmoronam, pessoas são atingidas e o sangue espirra e uma pessoa leva chutes e socos.
Um homem aponta uma arma para três pessoas, elas o perseguem por uma estação de trem, ele atira neles e pula na frente de um trem (ele não é atingido).
Três pessoas brigam com outras duas trocando socos e chutes, e um homem leva três tiros (vemos buracos sangrentos nas costas de suas roupas).
Um homem apunhala uma mulher no peito com um bisturi e ela cai morta no chão com uma mancha de sangue no peito (vemos o bisturi saindo).
Duas mulheres são perseguidas por uma máquina chamada Sentinela (parece um polvo metálico) e uma é esfaqueada na perna (jatos de sangue) e depois pelas costas (gráfico mas dura um milissegundo) e cai morta.
Um homem é empurrado de uma plataforma alta e outro homem é morto a golpes pelos Sentinelas. Não vemos isso em detalhes, mas está claro o que está acontecendo e o mech em que ele está fica coberto de sangue (isso é mais assustador do que qualquer outra coisa). Também vemos seu rosto cortado depois, não muito gráfico, mas perturbador de se olhar.
Um homem agarra uma mulher pelo pescoço e segura um bisturi em sua garganta, ela o joga no chão e o chuta repetidamente no rosto (vemos um rosto muito ensanguentado com um grande corte aberto no nariz); ele então bate a cabeça dela contra a parede, outro homem aponta uma arma para eles e a mulher é empurrada por uma escotilha.
Dois homens lutam, um homem atira no outro homem e um homem queima os olhos do outro com um cabo elétrico lançando faíscas - deixando as órbitas queimadas; vemos feridas avermelhadas e enegrecidas.
Em uma cena em que os humanos são representados como feitos de luz laranja brilhante, um homem arranca a cabeça de outro homem com uma barra de metal; vemos a cabeça explodindo em um flash brilhante.
Quando um homem é "conectado" (ou seja, entra) na Matrix, vemos uma sonda sendo enfiada na parte de trás de sua cabeça.
Uma nave voadora colide com uma parede e os passageiros são mostrados inconscientes: vemos uma pessoa sendo empalada com hastes de metal (não gráfica, mas vemos as consequências gráficas) e observamos enquanto esse personagem morre.
Um homem começa a brilhar por dentro, sua carne racha quando a luz brilha e ele explode em pedaços e então muitos outros homens experimentam o mesmo destino e vemos uma grande explosão.
Vemos dois homens inconscientes em mesas de hospital com monitores presos à cabeça (aparentemente em coma) e um deles com muitos cortes em um braço.
Caos geral, incluindo luta com sangue mínimo e algumas explosões.
