Após a derrota do seu antigo arqui-deus, The Shredder, as Tartarugas são mais necessárias do que nunca, mas Raphael, Donatello e Michelangelo se perderam e ficaram sem direção. Leonardo foi para a América Central, sob as ordens do mestre de artes marciais e da figura paterna, Mestre Splinter, para treinamento. Donatello e Michelangelo iniciaram pequenos negócios na ausência de Leonardo. Enquanto isso, coisas estranhas estão acontecendo na cidade de Nova York. Um exército de criaturas antigas ameaça dominar o mundo e as Tartarugas devem se unir novamente para salvá-lo.
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