Situado durante os últimos dias do Período Tokugawa (Edo), Moeyo-ken conta a história de Hijikata Toshizo e o Shinsengumi. Hijikata Toshizo é um samurai ansioso para testar suas habilidades e espada e fazer sua primeira morte. O dojo ao qual ele pertence pratica o estilo Tennen Rishin e o ensina aos fazendeiros. Não considerados verdadeiros samurais por outros dojos, eles recebem um pedido de duelo de um dojo rival praticando o estilo Kogen Itto. Sohaku Rokusha, um professor de lá, os desafia e luta com Hijikata Toshizo. O resultado da luta cria uma animosidade mortal entre eles que perdura através dos tempos.
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