2199 DC.Yamato tenta deixar para trás a galáxia da Grande Nuvem de Magalhães após receber um Cosmo Reverse System em seu destino,Para instalar Iskandar.No entanto,de repente ele encontra um grupo misterioso na borda da Grande Nuvem de Magalhães.A tripulação descobre que o grupo se chama Gatlantis,e que seu líder é o comandante da força expedicionária de Gutaba, que se autodenomina Goran Dagam do Trovão.O comandante exige que Yamato seja entregue a ele.Yamato,querendo correr para a Terra,escapa da briga.No entanto,Yamato é atacado por uma arma de feixe devastadora chamada Flame Direct Attack Cannon, que pode transcender o espaço.Yamato é capaz de recuar,mas acaba se perdendo e se encontra em uma dimensão irregular de cores estranhas.A tripulação decide desligar o motor da nave e explorar um misterioso planeta.A fim de coletar informações Kodai,Kiryuu,Sawamura,Niimi e Aihara pousam no planeta.O que eles veem quando chegam é um navio que não deveria estar lá.A água persegue os vestígios da dobra de Yamato,e também atinge o espaço estranhamente colorido.O planeta onde a tripulação de Yamato pousou é de fato o que Dagam tem procurado o tempo todo.
Aqui o assunto é cinema!
