As Tartarugas continuam a viver nas sombras e ninguém sabe que foram elas que derrubaram o Shredder. Vernon é aquele que todo mundo acha que é quem derrubou Shredder. April O'Neill faz um pouco de bisbilhotice e aprende que um cientista chamado Baxter Stockman está trabalhando para o Shredder. Ele planeja retirá-lo enquanto ele está trazendo transportado. April diz às tartarugas, que tentam impedir, mas não conseguem. Stockman tenta teletransportar Shredder, mas de alguma maneira ele acaba em outra dimensão e encontra um senhor da guerra chamado Krang que instrui Shredder a montar um dispositivo de teletransporte que ele enviou para a Terra há muito tempo. Ele dá Shredder alguns mutagênicos que ele usa para transformar dois criminosos que também estavam no transporte com ele, Rock Steady e Bebop, em mutantes. Eles então partiram para encontrar o dispositivo. Abril viu a transformação enquanto investigava Stockman. Ela pega o mutagênico e é perseguida pelos servos de Shredder, o Foot Clan. Ela é salva por um homem chamado Casey Jones, que era o único que transportava o Shredder. As tartarugas aparecem e tentam trabalhar juntas. Na confusão, o mutagênico acaba com a polícia. Sabendo Shredder vai tentar recuperá-lo, abril tenta obtê-lo primeiro e ela pede Vern para ajudar. Eventualmente, ela e Casey são presos. As Tartarugas pegam o mutagênico e Donatello analisa, aprende que poderia torná-las humanas, o que ele diz a Leonardo, que diz a ele para esquecer e não contar aos outros. Mas Michelangelo diz a Raphael quem sente que Leonardo não os respeita.
Aqui o assunto é cinema!
