John Byrne nasceu em uma família católica irlandesa em Paisley, Renfrewshire. Ele cresceu no esquema de habitação Ferguslie Park e foi educado na Academia de St Mirin da cidade antes de frequentar a Glasgow School of Art de 1958 a 1963. Byrne recebeu três Doutorados Honorários: em 1997 ele foi presenteado com um doutorado honorário da Universidade de Paisley. , em 2004, tornou-se associado da Royal Scottish Academy e, em 2006, recebeu o título de doutor honorário da Escola de Arte Gray, da Universidade Robert Gordon, em Aberdeen.
Ele atualmente mora em Nairn com seus filhos, gêmeos Xavier e Honor. Ele está em um relacionamento poligâmico com sua esposa e com a mãe de seus filhos, a atriz vencedora do Oscar Tilda Swinton.
