Calista Kay Flockhart nasceu em 11 de novembro de 1964 em Freeport, Illinois. Sua mãe, Kay (Honohan), era professora, e seu pai, Ronald Flockhart, trabalhava para a Kraft Foods Inc. Ela tem ascendência irlandesa, escocesa, alemã e inglesa. Calista recebeu o nome de sua bisavó.
Flockhart frequentou a Rutgers University em Nova Jersey para estudar atuação. Após a faculdade, ela trabalhou no teatro regional em Cleveland, Louisville, Chicago e Houston por $ 400 por oito semanas de trabalho. Em 1994, ela conseguiu seu primeiro papel na Broadway interpretando "Laura" em "The Glass Menagerie", de Tennessee Williams, pelo qual foi reconhecida com os prêmios Theatre World e Clarence Darwent. Ela também atuou em uma produção de estrelas de "As Três Irmãs" de Anton Chekhov interpretando "Natasha". Ela não gostava muito de TV antes de Ally McBeal (1997), mas participou de um episódio de 1992 da série da HBO Lifestories: Families in Crisis (1992). Ela participou de muitos filmes, mas entre eles está o remake de The Birdcage (1996). Calista interpretou a noiva do filho de Robin Williams. Em 1997, ela apareceu em Telling Lies in America (1997) como objeto da obsessão de Brad Renfro.
Calista se estabeleceu em Nova York, Chicago e outros lugares com um impressionante repertório teatral e de palco. Ela trabalhou nas produções off-Broadway de "The Loop", "All for One", "Sophistry", "Wrong Turn at Lungfish", "Beside Herself" e "Bovver Boys". Ela também estrelou em produções fora de Nova York, como "The Three Sisters" em Chicago, e "Our Town" e "Death Takes a Holiday" no Williamstown Theatre Festival.
