Christopher Eccleston se formou na Escola Central de Fala e Drama e chamou a atenção do público pela primeira vez como Derek Bentley em Let Him Have It (1991). No entanto, foi um papel regular na série de televisão Cracker (1993) que o tornou uma figura reconhecível no Reino Unido. Ele apareceu no thriller de baixo orçamento Shallow Grave (1994) e, no mesmo ano, ganhou o papel de Nicky Hutchinson no drama épico da BBC, Our Friends in the North (1996). Foi a transmissão da última série na BBC Two que realmente o tornou um nome familiar no Reino Unido. Em sua carreira no cinema, ele estrelou como protagonista ao lado de várias atrizes importantes, como Renée Zellweger em A Price Above Rubies (1998), Cate Blanchett em Elizabeth (1998) e Cameron Diaz e Jordana Brewster em The Invisible Circus (2001) e Nicole Kidman em The Others (2001).
Além de sua carreira cinematográfica de sucesso, ele continuou a trabalhar na televisão, aparecendo em alguns dos dramas britânicos mais desafiadores e instigantes. Entre eles estão Clocking Off (2000) e Flesh and Blood (2002) para a BBC e Hillsborough (1996), o personagem Iago em uma adaptação moderna de "Othello" de Shakespeare e o épico religioso The Second Coming (2003), interpretando Steve Baxter, o filho de Deus. Sua carreira no palco, embora não tão extensa quanto seus créditos na tela, mostrou que ele é um ator formidável. Teve atuações intensas e focadas em peças como "Hamlet", "Eletricidade" e "Miss Julie", pelas quais recebeu excelentes críticas.
Um ator muito conceituado, Eccleston foi duas vezes indicado na categoria de Melhor Ator no BAFTA Television Awards, a cerimônia de premiação da televisão britânica de estreia. Sua primeira indicação veio em 1997 para Our Friends in the North (1996). Embora não tenha ganhado esses prêmios, ele triunfou nas categorias de Melhor Ator no Broadcasting Press Guild Awards e no Royal Television Society Awards, vencendo por Our Friends in the North (1996). Ele ganhou o prêmio RTS de Melhor Ator pela segunda vez em 2003, desta vez por sua atuação em "Carne e Sangue". Em 2005, ele recebeu o prêmio de ator mais popular no National Television Awards por estrelar na re-imaginação de Doctor Who (2005), de Russell T. Davies.