Shannen Doherty nasceu em Memphis, Tennessee, EUA, em 12 de abril de 1971, filha de Rosa Doherty (Wright) e Tom Doherty. Seu pai trabalhava em um banco, enquanto sua mãe era dona de um salão de beleza. Ela tem um irmão mais velho, Sean B. Doherty. Sua ascendência inclui irlandeses, ingleses, escoceses e franceses. Em 1978, na tenra idade de sete anos, ela e sua família se mudaram para Los Angeles, onde seu pai abriu uma filial da costa oeste do negócio de transporte familiar. Ela sabia que queria seguir a carreira de atriz quando estreou como atriz aos dez anos, com um papel na série Father Murphy (1981).
Shannen era uma aluna confiante, envolvendo-se nos desempenhos escolares e trabalhando duro na escola, certificando-se de sempre ter notas excepcionais. Apesar de sua confiança, ela se isolou de grandes multidões e preferiu poucos amigos íntimos. Ela fez seu nome como atriz infantil com apenas 11 anos de idade, estrelando Little House on the Prairie (1974) como Jenny Wilder. Foi Michael Landon quem percebeu sua atuação em um episódio de Father Murphy (1981) que decidiu escalá-la. Ela então apareceu em Our House (1986) com Deidre Hall e Wilford Brimley. Ela também estrelou ao lado de Sarah Jessica Parker e Helen Hunt em Girls Just Want to Have Fun (1985) e depois em Heathers (1988), uma comédia adolescente também estrelada por Winona Ryder.
Seu verdadeiro sucesso veio em 1990, aos 19 anos, quando foi escalada para a longa série de sucesso de Aaron Spelling, Beverly Hills, 90210 (1990) como Brenda Walsh, a irmã gêmea de Brandon Walsh, interpretado por Jason Priestley. Ela atraiu a atenção da mídia e acabou tornando-a um nome familiar. O sucesso do popular drama adolescente atraiu jovens adolescentes que podiam se relacionar com seu personagem. Depois de quatro anos, ela deixou o show em 1994. Depois disso, ela continuou seu trabalho no cinema, estrelando o thriller Almost Dead (1994) e a comédia Mallrats (1995).
Durante o outono de 1998, ela se reuniu com o produtor de longa data Aaron Spelling, quando foi escalada como Prue Halliwell em Charmed (1998), um show sobre três mulheres comuns que por acaso são bruxas. Ela estrelou ao lado de Alyssa Milano e Holly Marie Combs. Depois de três anos, ela deixou o programa para encontrar trabalho no cinema. Antes de sair do show, ela dirigiu três dos últimos episódios em que estrelou. Ela continuou seu trabalho no cinema estrelando Another Day (2001), The Rendering (2002), Hell on Heels: The Battle of Mary Kay (2002) e View of Terror (2003). Em 2003, ela apresentou a primeira temporada de Scare Tactics (2003), bem como a segunda temporada com apenas 8 episódios e depois partiu para outros empreendimentos.
No outono de 2004, Shannen voltou à televisão na série dramática da Fox, North Shore (2004), onde interpretou Alexandra Hudson, a irmã há muito perdida de Nicole Booth, interpretada por Brooke Burns. O show foi cancelado após uma temporada. Então, em 2005, ela conseguiu o papel de Denise Johnson na série UPN Love, Inc. (2005); no entanto, após o episódio piloto, ela foi retirada da sitcom. A partir daí, ela se aventurou em novos projetos e em 2006 estrelou seu próprio reality show, Breaking Up with Shannen Doherty (2006).