Jonathan Rhys Meyers nasceu Jonathan Michael Meyers em 27 de julho de 1977, em Dublin, Irlanda, filho de Mary Geraldine (Meyers) e John O'Keeffe, um músico. Ele e sua família se mudaram para County Cork, Irlanda, quando o ator tinha quase um ano de idade, e então, aos 3 anos, seu pai deixou a família, deixando sua mãe para cuidar de Jonny e seus 3 irmãos mais novos sozinhas.
Rhys Meyers cresceu com uma infância tumultuada e foi expulso permanentemente da escola aos 16 anos.Feliz por estar fora da escola, ele começou a passar um tempo em um salão de bilhar local, onde foi descoberto por Hubbard Casting.Os agentes de elenco estavam procurando talentos para a produção de David Puttnam de War of the Buttons (1994), e pediram a Rhys Meyers que comparecesse a um teste.Após três dias de testes, no entanto, ele não conseguiu o papel e Rhys Meyers desistiu de suas aspirações de atuação.Logo depois, ele recebeu um convite para fazer um teste para uma campanha publicitária nacional da Knorr Soup e, embora constrangido com a atenção do anúncio, logo se viu considerado para um filme importante.Sua estréia como ator no cinema foi um papel muito pequeno no filme A Man of No Importance (1994), onde seu simples crédito no elenco é como "Primeiro Jovem".Seu primeiro papel principal foi no filme The Disappearance of Finbar (1996).Durante um adiamento de 6 meses na produção, ele voltou para casa em Cork e lá recebeu uma ligação sobre o filme Michael Collins (1996).Ele viajou para Dublin para se encontrar com o diretor Neil Jordan e ganhou com sucesso o papel de assassino de Collins.Jordan escreveu sobre seu encontro com o ator: "Eu encontrei alguém para interpretar o assassino de Collins.Jonathan Rees-Myers (sic), de County Cork, aparentemente, que parece um jovem Tom Cruise.[Ele] Entra na sessão de elenco com uma certeza alarmante.Obviamente talentoso ".
Rhys Meyers continuou trabalhando constantemente a partir desse ponto e apareceu em filmes como The Maker (1997), Telling Lies in America (1997) e The Tribe (1998). Depois de filmar The Governess (1998), B. Monkey (1998), Titus (1999) e Ride with the Devil (1999), ele recebeu aclamação da crítica por várias performances, principalmente como "Brian Slade" em Velvet Goldmine ( 1998), como "Steerpike" na minissérie britânica Gormenghast (2000), e como um técnico de futebol simpático em Bend It Like Beckham (2002). Rhys Meyers também é um talentoso cantor e músico, tendo feito sua própria voz em Velvet Goldmine (1998) e participado da trilha sonora do filme. Rhys Meyers ainda reside em County Cork, Irlanda.