Mary Stuart Masterson começou a atuar antes dos dez anos de idade, quando apareceu em The Stepford Wives (1975) em 1975 com o pai. Depois, sob a direção de seus pais, Mary Stuart levou uma vida fora dos holofotes, freqüentando a escola em Nova York. Ela apareceu em algumas produções na Escola Dalton, em Nova York. Aos 15 anos, a jovem atriz apareceu na Broadway na versão de Alice no País das Maravilhas de Eva Le Gallienne. Ela jogou duas partes, o Four of Hearts e o Small White Rabbit. Ela voltou aos filmes em 1985 com o papel de Dani in Heaven Help Us (1985). Por oito meses depois, Mary Stuart estudou na New York University, onde estudou antropologia.
