Megan é filha única, nascida em Los Angeles, Califórnia. Sua mãe, Martha, era modelo, e seu pai, Carter Mullally Jr., jogador contratado pela Paramount. Megan entrou pela primeira vez na Northwestern University com a intenção de estudar teatro, mas mudou para a literatura inglesa. No entanto, ela ainda acabou estrelando em vários musicais do campus, o que chamou a atenção dos produtores e a levou a abandonar a escola. Em 1985, ela se mudou para Los Angeles sem nenhum sucesso especial. Mas, em 1994, ela co-estrelou em "Grease" na Broadway com Rosie O'Donnell e, em 1995, em "How To Succeed In Business" com Matthew Broderick. Sua estrela está subindo desde então. Sua banda Nancy e Beth gravaram dois álbuns e fizeram extensas turnês. Ela dirigiu quatro videoclipes para Nancy e Beth, que podem ser encontrados em nancyandbeth.com.