Alfonso nasceu e cresceu em Laredo, Texas, na fronteira entre os EUA e o México. Ele recebeu seu BFA da NYU e seu MFA da AFI. Ele começou sua carreira como assistente pessoal de Martin Scorsese, Nora Ephron, Robert De Niro e Alejandro Gonzalez Inarritu. Ele passou a dirigir segunda unidade para a Sra. Ephron, Inarritu, Scorsese, Kevin Macdonald, Ryan Murphy e Ben Affleck (no vencedor do Oscar "Argo"). Ele dirigiu aclamados episódios de Glee e American Horror Story, bem como inúmeros comerciais nacionais para os gostos de T-Mobile e Chevrolet (Super Bowl). Ele foi indicado ao Emmy de Melhor Direção de Minissérie por "American Horror Story: Coven", bem como por Melhor Minissérie como Co-Produtor Executivo do programa. Ele também dirigiu o piloto da "Red Band Society", da Fox, que foi escolhida para a série. Acabou de terminar o seu segundo longa-metragem, Me & Earl & the Dying Girl para Indian Paintbrush, que ganhou o Grande Prémio do Júri e o Prémio do Público no Concurso Dramático dos EUA no Sundance Film Festival 2015.
