Nascido em Salem, Oregon, Justin Kirk passou sua infância em Union, Washington, onde frequentou a escola primária em uma reserva indígena americana. Kirk sabia desde os 3 anos que queria atuar e fez sua estréia como ator aos sete em uma peça da faculdade local. Aos 12 anos, ele se mudou com sua mãe para Minneapolis, Minnesota, e frequentou a Children's Theatre School durante o ensino médio.
Após a formatura, ele se mudou para Nova York e matriculou-se no Circle in the Square, onde completou um programa de atuação em conservatório de dois anos. Ele logo conseguiu seu primeiro papel na Broadway, em "Any Given Day" no Longacre Theatre, e largou o emprego como carregador no Royalton Hotel. Ele tem trabalhado continuamente desde então e talvez seja mais conhecido por sua interpretação do personagem cego Bobby na Broadway e na adaptação para o cinema de Love! Valentia! Compaixão! (1997). Kirk foi homenageado com um Obie Award por Distinguished Performance in the Ensemble.
O trabalho de palco adicional inclui "Old Wicked Songs" no Promenade Theatre de Nova York e a Geffen Playhouse de Los Angeles, na qual estrelou como um prodígio do piano, ganhando o prêmio Back Stage West Garland de Melhor Performance. Ele também apareceu em June Moon com o Drama Department, uma companhia de teatro da qual é membro fundador.
Um autodenominado nerd do rádio, Kirk divide seu tempo entre a cidade de Nova York e Los Angeles.
