Sean Patrick Hayes nasceu e cresceu no subúrbio de Chicago, em Glen Ellyn, Illinois. Seu pai, Ronald, um litógrafo, deixou a família quando Sean era criança. Sua mãe, Mary, trabalha em um banco de alimentos e criou Sean e seus quatro irmãos por conta própria. Sean se apoiou como pianista clássico e como membro de uma banda pop por cinco anos, enquanto cursava a Illinois State University, onde se formou em performance e regência de orquestra. Ele começou sua carreira profissional pós-colegial no teatro de Chicago, como diretor musical no Pheasant Run Theater por vários anos, aparecendo no palco em várias produções também. Ele também apareceu na produção original de "Role Play" no Teatro Orgânico.
Um ex-aluno do famoso grupo de comédia de improvisação da cidade de Chicago, Hayes fez shows em quadrinhos, se apresentando no The Comedy Club em Los Angeles. Ainda em Chicago, Hayes ganhou papéis em programas de televisão, bem como no filme de televisão A & P (1996), baseado em uma história de John Updike, antes de conseguir o papel que lhe valeu um Emmy em 2001 - Jack McFarland. série de comédia da NBC Will & Grace (1998). Ele também foi homenageado com um SAG Award, um American Comedy Award e um TV Guide Award, bem como com duas indicações ao Globo de Ouro. Hayes fez sua estréia no cinema em 1998, no papel-título do sucesso artístico Billy's Hollywood Screen Kiss (1998), que foi aclamado pela crítica no Festival de Cinema de Sundance. Ele também co-estrelou o sucesso de bilheteria Cats & Dogs (2001) para a Warner Bros Studios.
De ascendência irlandesa, Sean Hayes faz sua casa em Los Angeles com seu namorado de longa data, agora marido (a partir de novembro de 2014), Scott Icenogle, um produtor musical de Los Angeles.
