Ele também é um dos comediantes mais respeitados da Austrália. Conhecido afetuosamente em toda a Ásia como "O Guru do Riso", Jonathan foi o pioneiro da cena da comédia stand-up asiática, estabelecendo o primeiro clube de comédia stand-up do Sudeste Asiático, The Crackhouse, em Kuala Lumpur. Ele é o fundador do Comedy Club Asia, produzindo e realizando shows na Índia, Cingapura, Camboja, Malásia, Indonésia e Vietnã. Devido ao seu talento multilíngue e apelo pan-asiático, Atherton foi contratado para escrever e apresentar o primeiro especial de comédia completo para a plataforma de mídia asiática, Iflix. Ele é atração principal regular da Royal Caribbean Cruise Line e da Holland America Line.