Eliza Dushku nasceu em Boston, Massachusetts, filho de Judith (Rasmussen), professora de ciências políticas, e Philip R. Dushku, professor e administrador. Seu pai é albanês e sua mãe é americana (descendente de dinamarqueses, irlandeses, ingleses e alemães). Ela foi descoberta ao final de uma busca de cinco meses pelos Estados Unidos pela garota perfeita para interpretar o papel principal de Alice contracenando com Juliette Lewis no filme That Night (1992). Desde então, ela participou de vários filmes e trabalhou com atores como Robert De Niro, Ellen Barkin, Leonardo DiCaprio, Paul Reiser e Jim Belushi. Nascida em Boston em 30 de dezembro de 1980, estudou piano, bateria e vários tipos de dança (jazz, sapateado e balé). Sua experiência de atuação anterior inclui numerosas apresentações amadoras no Watertown Children's Theatre, onde ela fazia parte da empresa desde a primeira série. Além de atuar, ela é às vezes vista no palco do teatro infantil para os surdos.