Hayden Christensen nasceu em 19 de abril de 1981 em Vancouver, British Columbia, Canadá. Seus pais, Alie e David Christensen, estão no ramo de comunicações. Ele é descendente de dinamarquês (pai) e sueco e italiano (mãe). Hayden cresceu em Markham, Ontário, com os irmãos Kaylen, Hejsa e Tove. Hayden começou a se tornar ator quando um encontro casual aos oito anos o colocou em seu primeiro comercial, para Pringles. Quando ele tinha treze anos, ele estrelou papéis em várias séries dramáticas de televisão.
Sua maior ruptura foi uma parte importante no Higher Ground da Fox Family Network (2000). Na série, Hayden mostrou seu talento como um adolescente que foi molestado sexualmente por sua madrasta, e se volta para as drogas em desespero. Mais tarde, ele apareceu no filme de televisão Trapped in a Purple Haze (2000), onde co-estrelou com seu amigo Jonathan Jackson. Hayden também teve um papel no filme The Virgin Suicides (1999).
Em 12 de maio de 2000, foi anunciado que Christensen estrelaria como Anakin Skywalker nos prequelas Star Wars: Episódio II - Ataque dos Clones (2002) e Star Wars: Episódio III - A Vingança dos Sith (2005). A estrela foi escolhida pelo diretor George Lucas porque ele achava que Hayden tinha talento bruto e boa química com a atriz Natalie Portman. Lucas surpreendeu o mundo do cinema escolhendo o então desconhecido ator depois que ele recusou grandes nomes como Leonardo DiCaprio e Jonathan Jackson, além de outros 400 candidatos.
Seu papel como adolescente conturbado e incompreendido, Sam Monroe, em Life as a House (2001), de Irwin Winkler, lhe rendeu o 'Breakthrough Performance of the Year' do National Board of Review. O filme também o colocou como indicado para 'Melhor Ator Coadjuvante' tanto no Golden Globe quanto no Screen Actors Guild Awards. Hayden, em seguida, estrelou em Shattered Glass (2003), citado por alguns dos verdadeiros colegas de Stephen Glass, como dando um retrato sinistro e estranho.
Desde seus dias de Guerra nas Estrelas, Hayden encabeçou vários filmes de ação, incluindo Jumper (2008) e Takers (2010).
Quando não está trabalhando, ele gosta de passar tempo de qualidade com sua família (como o irmão mais velho, Tove), sair com seus amigos e explorar outros hobbies, como o blues, jazz e piano.
Hayden estava em um relacionamento com a atriz Rachel Bilson de 2007 a 2017. Os dois têm um filho, nascido em 2014.