John é o irmão mais novo de Chris Farley. Ele cresceu em Madison, Wisconsin, filho de Mary Anne (Crosby) e Thomas John Farley, dono da Scotch Oil Co. Seu irmão mais velho, Kevin P. Farley, também atua. Tom, o mais velho dos meninos, trabalha em Madison como chefe da Fundação Chris Farley. Sua irmã, Barb, é professora de pré-escola em Madison. John frequentou a Portsmouth Abbey School em Portsmouth, Rhode Island, e a Regis University em Denver, Colorado, onde se formou em Marketing. Ele estudou e trabalhou na Second City em Chicago após a faculdade, e se mudou para LA em 1998.
