Jonathan é o caçula de três irmãos. O irmão mais velho, Anthony LaPaglia, também é ator. O irmão do meio, Michael, é um atacadista de carros em Los Angeles. Seus pais são Eddie LaPaglia, proprietário de uma concessionária de automóveis australiana, e Maria, secretária. Ele inicialmente queria seguir carreira nas artes plásticas, mas tinha dúvidas sobre seu talento. Ele se formou em medicina pela University of Adelaide, Austrália. Ele trabalhou três anos como médico em Adelaide, Sydney e Londres. Sentindo-se restrito, ele decidiu seguir seu irmão como ator. Em 1994, ele se mudou para a cidade de Nova York, onde se juntou à Circle In The Square Theatre School. Ele teve sua primeira chance em 1996, quando se juntou ao elenco da série de TV New York Undercover (1994).
