Nascido no Tajiquistão durante o período da União Soviética, Bakhtyar Khudojnazarov trabalhou para a Tadjikfilm Studios, TV e rádio, como jornalista ou assistente de direção, de 1982 a 1984. Ele então estudou no Moscow Film Institute (VGIK), na classe de Igor Talankin, onde Dirigiu dois curtas-metragens ("Shutniki" aka "Jokers" em 1986, "Verish Nje Verish" ou "Believe It Or Not" em 1988) e um documentário ("Sobachija Okhota" aka "Hunting with Dogs" em 1987). Em 1991, dois anos depois de se formar, dirigiu e coescreveu seu primeiro longa-metragem, Bratan (1991), e ganhou vários prêmios em festivais internacionais de cinema. Ele finalmente dirigiu seu segundo filme, Kosh ba kosh (1993), co-produzido por muitos países diferentes (especialmente Alemanha desde que ele começou a viver e trabalhar em Berlim em 1993) e para o qual colaborou novamente com Leonid Makhkamov para o cenário. Ele ganhou um prestigiado Leão de Prata em Veneza por este filme.
Ele se beneficiou de um orçamento maior para seu próximo filme, Luna Papa (1999), outra co-produção internacional, co-escrita com o cineasta georgiano 'Irakli Kvirikadze' e estrelando a estrela russa Chulpan Khamatova, o famoso ator alemão Moritz Bleibtreu e o ator tajique Ato. Mukhamedzhanov (o último filme deste último). Khudojnazarov criou uma atmosfera poética semelhante à de Kusturica, para a qual a tripulação construiu uma vila inteira em um deserto da Ásia Central. Tornou-se seu filme mais famoso internacionalmente e recebeu inúmeros prêmios, incluindo o Prêmio Nika de melhor diretor (principal prêmio nacional russo). A música composta por Daler Nazarov também se tornou uma trilha sonora apreciada.
Ele então dirigiu The Suit (2003), também uma co-produção internacional, a partir de um cenário de Oleg Antonov e com Daler Nazarov para a música novamente. Seu próximo filme será uma produção russa, Tanker Tango (2005).