Nascido no Japão, Makoto Iwamatsu morava lá com seus avós enquanto seus pais estudavam arte nos Estados Unidos, quando o Japão e os Estados Unidos foram para a guerra em 1941. Seus pais permaneceram nos Estados Unidos, trabalhando para o Office of War Information, e, com a cessação do conflito, foi concedida a residência nos Estados Unidos pelo Congresso. "Mako", como ficou conhecido, juntou-se aos pais em Nova York e estudou arquitetura.
Ingressou no Exército dos EUA no início dos anos 1950 e atuou em shows para militares, descobrindo o talento e o amor pelo teatro. Ele abandonou seus planos de se tornar um arquiteto e, em vez disso, matriculou-se no famoso Pasadena Community Playhouse. Após seus estudos lá, ele apareceu em várias produções teatrais e na televisão. Em 1966, ele foi indicado ao Oscar de Melhor Ator Coadjuvante por seu primeiro papel no cinema, como o coolie "Po-Han" em The Sand Pebbles (1966). Ele trabalhou continuamente em filmes desde então.
Ele apareceu na Broadway no papel principal em "Pacific Overtures", de Stephen Sondheim, e foi cofundador e diretor artístico da aclamada companhia de teatro East-West Players em Los Angeles.
Após uma longa batalha contra o câncer, Mako faleceu em 21 de julho de 2006, aos 72 anos. Ele deixou sua esposa, Shizuko Hoshi (que co-estrelou episódios de M * A * S * H (1972)) também, e seus filhos e netos.
