Scott Thompson foi criado em Brampton, Ontário. Ele é o segundo mais velho de quatro garotos (os outros são Craig, Derek e Dean). Aos 19 anos, Scott se envolveu em um programa educacional chamado "Canada World Youth", e passou algum tempo nas Filipinas. Depois de CWY, Scott se matriculou na Universidade de York, mas, em seu terceiro ano, ele foi convidado a sair por ser "perturbador". Scott se juntou a uma trupe de improvisação em Toronto chamada "The Love Cats" e, enquanto cantava com eles, conheceu Mark McKinney, que o apresentou ao resto de The Kids in the Hall (1988). Ele foi um artista convidado com "The Kids" em 1984, e logo depois se tornou um membro.
