Um dos impulsionadores, tanto como crítico quanto músico, da música americana do século 20, Thomson estudou música na Universidade de Harvard e em outros lugares na área de Boston antes de se mudar para Paris para estudar com Nadia Boulanger em 1921. Depois de passar pouco tempo em sua terra natal, ele retornou a Paris e lá permaneceu até 1940, trabalhando com muitos dos principais compositores, escritores e artistas da época, mais significativamente Gertrude Stein, com quem escreveu a ópera "Four Saints in Three Acts" (1927- 28). Ao voltar para os EUA, Thomson se tornou o crítico de música do NY Herald-Tribune, ganhando um Prêmio Pulitzer de Música por sua trilha sonora para o filme Louisiana Story (1948). Odiado por muitos no mundo da música por sua crítica amarga, Thomson, no entanto, ganhou inúmeros elogios, incluindo a Legião de Honra (1947) e do Kennedy Center Honor para a realização da vida (1983).
