Graduado pela Escola de Artes e Ofícios de Praga, em 1936 ele criou um teatro de fantoches, que foi encerrado após a eclosão da Segunda Guerra Mundial. Durante a guerra, ele desenhou cenários e ilustrou livros infantis. Em 1945, ele montou uma unidade de animação com vários colaboradores no estúdio de cinema de Praga; eles chamaram a unidade de "Irmãos Truques". Trnka se especializou em animação de fantoches, uma forma de arte tradicional tcheca, da qual ele se tornou o mestre indiscutível. Ele também criou desenhos animados, mas foi sua animação de fantoches que o tornou um artista reconhecido internacionalmente e vencedor de prêmios em festivais de cinema em Veneza e em outros lugares. Ele escreveu os roteiros da maioria de seus próprios filmes.
