Michael Manning Weatherly, Jr. nasceu em 8 de julho de 1968 em Nova York, para Patricia Ruth (Hetherington) e Michael Manning Weatherly, Sr. Raised em Fairfield, CT, ele deixou a faculdade para seguir uma carreira na atuação. Ele também tinha uma grande paixão pela música e tocava em uma banda enquanto seguia sua carreira de ator. Ele começou a atuar profissionalmente e conseguiu seu primeiro emprego como colega de quarto de Theo Huxtable no The Cosby Show (1984) e um papel no filme independente Trigger Happy (2001), contracenando com Rosario Dawson. Isso levou a numerosas visitas na televisão e o levou a Los Angeles, onde conseguiu um papel regular na série FOX Significant Others (1998). Ele conheceu o diretor Whit Stillman, que o colocou em The Last Days of Disco (1998), contracenando com Chloë Sevigny. Michael também atuou como ex-marido de Christina Applegate na série Jesse (1998) e teve papéis em The Specials (2000) com Rob Lowe, Venus e Mars (2001) contracenando com Lynn Redgrave e Gun Shy (2000) contracenando com Liam Neeson e Sandra Bullock .
Em 1995 ele se casou com a atriz Amelia Heinle, que apareceu com ele em The City (1995) e Loving (1983). Infelizmente, o casamento acabou em divórcio em 1997, apesar do nascimento de seu filho August em 1996. Michael mora em Los Angeles. O internado Dr. Bojana Jankovic, de 20 anos. O casal mora em Los Angeles com seus dois filhos, uma filha Olivia e um filho Liam.