O segundo em uma família de dez anos, seu pai, Henry, estava em Kilkea. Sua mãe Henrietta era descendente dos Fitzmaurices, uma família que havia estado em Kerry desde os tempos normandos no século XIII. Em 1880, quando Ernest tinha seis anos, seu pai desistiu da agricultura e foi para o Trinity College Dublin, e qualificado para ser médico. A família morava na 35 Marlborough Road, em Dublin, e em 1884 eles se mudaram para Sydenham, no sul de Londres, onde Henry praticou por 30 anos.
Depois de frequentar a escola no Dulwich College como menino, Ernest, de 16 anos, entrou para a Marinha Mercante. Após 10 anos, ele desistiu e se juntou a uma expedição britânica liderada pelo capitão Robert Falcon Scott para tentar ser o primeiro a chegar ao pólo sul. No verão de 1901, o navio, The Discovery, partiu para a Antártida. Em 30 de dezembro de 1902, Scott, Shackleton e Edward Wilson FZS ("Tio Bill") chegaram a 400 milhas do Pólo Sul, o mais distante do sul, atingido por qualquer um. Shackleton foi invalidado na viagem de volta e foi mandado para casa mais cedo. Sua experiência nessa expedição estimulou Shackleton a tentar chegar ao pólo sul. Em 1904, após seu retorno, ele se casou com Emily Dorman, eles tiveram três filhos Raymond, Cecily e Edward.
Em seguida veio a expedição Nimrod. Em março de 1907, Shackleton delineou sua própria viagem, na qual se organizou com o mínimo de apoio oficial. A expedição foi deixar a Nova Zelândia em 1908. O navio escolhido era um navio de selagem que geralmente trabalhava em Newfoundland. Foi derrubado e chegou a Londres em meados de junho de 1907. A rainha apresentou Shackleton com uma Union Jack para continuar a viagem de trenó. Eles partem para a Nova Zelândia no dia 7 de agosto. O Governo da Commonwealth deu a Shackleton £ 5000 e o governo da Nova Zelândia deu a ele £ 1000 e concordou em pagar metade do custo de rebocar o navio até o Círculo Antártico para economizar carvão para a jornada que estava por vir. Eles entraram no mar de Ross no dia 16 de janeiro. No dia 28 de janeiro o navio congelou no gelo. No dia seguinte, eles baixaram o automóvel para o bloco de gelo, o primeiro automóvel no continente antártico. A equipe montou a cabana que haviam trazido e os homens se espremeram. O tempo começou a se fechar e o sol se pôs. No dia 29 de outubro de 1908, Shackleton, Adams, Marshall e Frank Wild dirigiram-se ao Pólo Sul, numa viagem de 1700 milhas. Os outros homens montaram muitos depósitos para a viagem usando o automóvel para vários deles. A equipe começou a ficar sem comida e atirou nos pôneis por comida. No dia 9 de janeiro de 1909 chegaram a um novo sul mais distante - a apenas 97 milhas do Pólo Sul. Eles tiveram que se virar devido à falta de comida.
Depois que o norueguês Roald Amundsen (dezembro de 1911) e Scott (janeiro de 1912) chegaram ao Pólo Sul, Shackleton pensou e tentou realizar outro grande plano - atravessar o continente antártico de 2000 milhas. Esta viagem foi um fracasso muito bem sucedido. A equipe de 28 homens e 68 cachorros nunca pôs os pés no continente. A nave de Shackleton, a "Resistência", ficou presa no gelo do Mar de Weddell por 11 meses, de janeiro de 1915 até que foi esmagada e afundou em novembro de 1915, deixando 28 homens no gelo com três barcos de pequeno porte. Eles então passaram 5 (reconhecidamente verão) meses em um iceberg flutuando para longe do continente. Com grande sorte, desembarcaram na Ilha Elefante no dia 15 de abril de 1916. É uma pequena ilha esquecida por Deus de rocha e gelo com alguns pinguins e focas para alimentação. Então lá estavam eles, em abril de 1916, perdidos para o mundo civilizado e indo para um inverno antártico. Não perdendo tempo O próximo passo de Shackleton seria uma das maiores viagens de pequenos barcos já feitas. Shackleton e 5 outros partem no barco de 22 pés, o "James Caird" em uma viagem de 800 milhas através de um dos mares mais violentos do mundo até a ilha da Geórgia do Sul para obter ajuda. Tim McCarthy viu pela primeira vez a Geórgia do Sul, 15 dias depois de deixarem a Ilha Elefante. Sua jornada extraordinária ainda não havia terminado - para chegar à ajuda, Shackleton, Tom Crean e Frank Worsley tiveram que atravessar as montanhas, geleiras e campos de neve da Geórgia do Sul para chegar à estação baleeira de Stromness. Três meses e meio depois, na quarta tentativa, Shackleton, em um rebocador chileno, o "Yelcho" resgatou os 22 tripulantes restantes na Ilha Elefante em 30 de agosto de 1916. Era incrível que toda a tripulação tivesse sobrevivido. Em dezembro, Shackleton deixou a Nova Zelândia na Aurora para resgatar o Ross Sea Party do Cabo Royds - do outro lado da Antártida, esse grupo havia colocado com sucesso depósitos de comida ao longo da plataforma de gelo Ross em direção ao Pólo Sul. Shackleton pretendia usá-los quando atravessasse o continente do lado do mar de Weddell.
A viagem de 1921 na missão foi sua última jornada. Ele morreu de um ataque cardíaco nas primeiras horas de 5 de janeiro de 1922, pouco depois do início da expedição, em Grytviken, na Geórgia do Sul, onde foi enterrado. Poucos meses depois, em sua jornada de volta para casa, a tripulação do Quest ergueu uma cruz no King Edward Point, do outro lado da baía, do cemitério onde seu "chefe" está enterrado.
