Proclamado por muitos críticos como um dos melhores jovens atores de sua geração, Benjamin John Whishaw nasceu em Clifton, Bedfordshire, para Linda (Hope), que trabalha com cosméticos, e Jose Whishaw, que trabalha com tecnologia da informação. Ele tem um irmão gêmeo, James. Ele é descendente de franceses, alemães, russos (pai) e ingleses (mãe).
Ben frequentou o Samuel Whitbread Community College, onde seu interesse pelo teatro cresceu e ele se tornou membro do Bancroft Players Youth Theatre no Queen Mother Theater de Hitchin. Durante seu tempo lá, ele ganhou proeminência em muitas produções, mais notavelmente If This Is a Man, baseado no livro de mesmo nome de Primo Levi, um sobrevivente do campo de prisioneiros de guerra na Segunda Guerra Mundial nazista. A peça foi levada para o Festival de Edimburgo em 1995, onde recebeu críticas de cinco estrelas e grande aclamação da crítica com Ben Whishaw recebendo elogios por sua interpretação de Levi.
Ben então se matriculou na RADA de onde se formou em 2004 e logo conseguiu o papel de Hamlet na produção de Trevor Nunn em 2004, fazendo dele um dos atores mais jovens a retratar Hamlet no palco. Hamlet abriu as críticas com muitos críticos aclamando Ben como o próximo Laurence Olivier e aplaudindo sua interpretação de Hamlet com os principais críticos que estavam presenciando o nascimento de uma estrela. Os créditos cinematográficos e televisivos de Whishaw incluem Layer Cake (2004) e Nathan Barley (2005), de Christopher Morris 2005, em que interpretou um personagem chamado Pingu. Ele foi nomeado "Novato Mais Promissor" no British Independent Film Awards de 2001 (para My Brother Tom (2001)) e, em 2005, indicado como melhor ator em quatro cerimônias de premiação por seu Hamlet. Ele também interpretou Keith Richards no filme biográfico de Stephen Woolley, Stoned (2005). Whishaw jogou em Perfume: A História de um Assassino (2006) como Jean-Baptiste Grenouille, um fabricante de perfumes cuja arte se torna mortal ficando mais entusiasmada por seu retrato impressionante. Whishaw apareceu em 2007, I'm Not There (2007) como uma das reencarnações de Bob Dylan e, em 2008, em Criminal Justice (2008), uma série de TV. Ele aparece nos próximos filmes The Tempest (2010) e Bright Star (2009).
