Kit Harington nasceu Christopher Catesby Harington em Acton, Londres, para Deborah Jane (Catesby), um ex-dramaturgo, e David Richard Harington, um homem de negócios. Sua mãe o nomeou após dramaturgo britânico do século 16 e poeta Christopher Marlowe, cujo primeiro nome foi encurtado para Kit, um nome Harington prefere. O tio de Harington é Sir Nicholas John Harington, o 14º Baronet Harington, e seu bisavô paterno era Sir Richard Harington, o 12º Baronet Harington. Através de sua avó paterna, Lavender Cecilia Denny, de Kit oito vezes bisavô era o rei Carlos II da Inglaterra. Também através de seu pai, Harington desce do político Henry Dundas, 1o Viscount Melville, o bacon comerciante TA Denny, clérigo Batista Wriothesley Noel, comerciante e político Peter Baillie, par William Legge, 4 º Conde de Dartmouth, e MP Sir William Molesworth, 6o Baronet .
Harington foi aluno da Escola Primária Southfield de 1992 a 1998. Quando ele tinha 11 anos, sua família mudou-se para Worcestershire, e ele estudou na Escola Superior Chantry em Martley até 2003. Tornou-se interessado em atuar depois de assistir a uma produção de espera Godot quando ele tinha 14 anos, e ele se apresentou em várias produções escolares. Ele participou de Worcester Sixth Form College, onde estudou Teatro e Estudos de Teatro, entre 2003 e 2005. Quando ele tinha 17 anos, ele se inspirou para estudar teatro em uma escola de teatro depois de assistir a uma performance de Ben Whishaw jogar Hamlet em 2004. Ele se mudou de volta para Londres quando tinha dezoito anos e um ano mais tarde frequentou a Escola Central de Expressão e Drama, onde se formou em 2008.
