Vijay Sethupathi nasceu em Rajapalayam, no distrito de Virudhunagar, e mudou-se para Chennai quando estava na sexta classe. Ele estudou na Escola Secundária Superior MGR em Kodambakkam. De acordo com Sethupathy, ele era um "aluno abaixo da média direto da escola" e não se interessava por esportes nem atividades extracurriculares. Ele se formou em B.Com pelo DB Jain College em Thoraipakam, após o qual trabalhou por três anos como contador em Dubai, Estados Unidos da América. Insatisfeito com o emprego, voltou à Índia em 2003. Ele lembra que uma vez Balu Mahendra comentou que ele tinha um "rosto muito fotogênico" e o motivou a seguir a carreira de ator.
