Jelena Jovanova nasceu em Banja Luka, na Bósnia e Herzegovina. Ela viveu sua primeira infância viajando constantemente entre a Bósnia e a Macedônia. Sua mãe é sérvia, nasceu e viveu na Bósnia e seu pai é macedônio. Jovanova está residindo na Macedônia.
Sua família, incluindo seu irmão mais velho, que é jornalista, mudou-se para a Macedônia pouco antes da guerra ocorrer na Bósnia e sua família foi salva de um dos genocídios mais brutais da história europeia recente, ocorrido naqueles tempos difíceis.
Enquanto os laços familiares se desmanchavam durante a guerra nos Bálcãs, no período de 1992 a 1995, Jelena passou a infância na cidade de Stip, na Macedônia. Ela mostrou uma grande ambição e afinidade com as artes desde muito jovem, e começou sua carreira de atriz no colégio.
Logo depois, Jovanova recebeu o prêmio de melhor jovem aspirante a ator na Macedônia em 2002, e isso selou sua vocação para ser atriz. Ela então se matriculou na graduação na Faculdade de Artes Dramáticas de Skopje, para aprender interpretação, e se formou na classe do aclamado Professor Vlado Cvetanoski. Jelena teve sua primeira atuação profissional no palco, ainda estudante, e já realizou mais de 25 peças de teatro e 4 longas-metragens até hoje.
Jovanova participou da estreia na direção de Angelina Jolie, In the Land of Blood and Honey (2011), sendo a atriz mais jovem da Macedônia a se envolver em uma produção de Hollywood.
